PCR基因扩增仪主要作用原理与基本计量仪器相似，对计量要素要求较高，PCR基因扩增仪需要定期维护保养，才能延长一起的使用寿命，节约成本。适用于分子生物学、医学、食品工业、司法科学、生物技术、环境科学、微生物学、临床诊断、流行病学、遗传学、基因芯片、基因检测、基因克隆、基因表达等领域以聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction , PCR)为特征的、以检测DNA/RNA为目的的各种病原体检测及基因分析。
PCR基因扩增仪可以分为多种类型：
1.水浴式PCR基因扩增仪 水浴式PCR基因扩增仪一般由三个不同温度的水浴槽和机械臂组成，样品管分别浸于三个水浴槽中，完成变性、复性和延伸三个过程，反应管在每个槽中停留的时间和槽间移动通过微电脑及其控制的机械臂完成。该仪温度可调、恒温精度高、温度均匀，价格低廉，适用于基层实验室使用，但机械臂易出故障，水浴槽中水份易蒸发(覆盖矿物油可防止蒸发)，体积较大。此外还有一类水浴式PCR仪，只有一个固定样品槽，通过微机控制将不同温度的水泵入或排出达到温度控制完成DNA扩增的目的，此类型的PCR仪应用较少。
2.气流式PCR基因扩增仪 气流式PCR仪主要由对流恒温箱(机壳)、热气源、冷气源、控制器等组成，将样品管置于对流恒温箱中，由控制器控制热辐射源和大功力风扇，以提供冷热空气，变换反应管的温度。该仪的成本低，整个系统没有液体流动，安全度高。
3.金属模块式PCR基因扩增仪 此类扩增仪的核心为铝或不锈钢加热块，上面分布数量不等的样品管孔，采用电阻加热、压缩机制冷、半导体调制温度或电子调制温度。该机体积小，升降温速度快，样品基座温度准确、均一度高，自动化程度高，扩增程序容量较大，检测样品数目多，可用于普通0.5ml管、薄壁管DNA扩增和原位DNA扩增。操作简单、方便，检测结果稳定可靠性高，但价格比较昂贵，适宜于大型综合性科研机构或诊断、检疫单位使用。
